Biuro Koordynacji Projektu (BKP) jako wyodrębniona jednostka organizacyjna zostało utworzone w 2007 r. dla bieżącej koordynacji wdrażania Projektu Ochrony Przeciwpowodziowej Dorzecza Odry (POPDO), a od 2008 r. po zbudowaniu jego struktury organizacyjnej sprawuje funkcje koordynacyjne w stosunku do poszczególnych interesariuszy Projektu OPDO. Zarządzeniem nr 10/2015 z dnia 4 sierpnia 2015 r. Prezes KZGW dokonał zmiany nazwy Biura na Biuro Koordynacji Projektu Ochrony Przeciwpowodziowej Dorzecza Odry i Wisły oraz rozszerzył zakres działalności o koordynację wdrażania Projektu ochrony przeciwpowodziowej w dorzeczu Odry i Wisły. W związku z wejściem w życie przepisów ustawy Prawo wodne, od 1 stycznia 2018 roku nastąpiła zmiana, która organizacyjnie usytuowała BKP jako państwową jednostkę budżetową podlegającą Ministerstwu Środowiska (Minister Środowiska był właściwy ds. działu administracji rządowej: „gospodarka wodna”). 10 stycznia 2018 r. Prezes Rady Ministrów swoim rozporządzeniem przydzielił kierowanie działem gospodarka wodna Ministrowi Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej. Rozporządzenie to weszło w życie 12 stycznia 2018 r. z dniem obowiązywania od 9 stycznia 2018 r. W wyniku tych kolejnych zmian, BKP OPDOW stało się państwową jednostką budżetową podległą pod Ministra Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej.