Adiunkt - Bioinformatyk (Post-doc) do realizacji zadań w projekcie badawczym pt. „Polish Chimeric Antigen Receptor -cell Network” realizowanego w ramach programu CAR-NET Agencji Badań Medycznych

Opis stanowiska

Terapia komórkami CAR-T jest najbardziej zaawansowaną i spersonalizowaną technologią stosowaną w leczeniu hematoonkologicznym, która polega na wytworzeniu dla każdego pacjenta leku na bazie jego własnych limfocytów.

Wykorzystanie układu odpornościowego do walki z nowotworem polega na pobraniu od pacjenta limfocytów T, które są następnie modyfikowane genetycznie
w laboratorium. Gen ten koduje wytwarzanie przez limfocyt T receptora rozpoznającego specyficzne antygeny komórek nowotworowych. Dzięki terapii komórkami CAR-T można uzyskać całkowitą remisję u ok. 90% chorych z ostrą białaczką limfoblastyczną. W ramach realizacji projektu pod nazwą „Polish Chimeric Antigen Receptor T-cell Network”, finansowanego ze środków Agencji Badań Medycznych i mającego na celu rozwój pierwszej polskiej terapii CAR-T, zatrudnimy bioinformatyka, którego głównym zadaniem będzie analiza transkrypcyjnych
i epigenetycznych zmian ewolucyjnych CAR-T na poziomie pojedynczych komórek, pozwalająca na odkrycie mechanizmów molekularnych związanych z odpowiedzią
i opornością na terapię CAR-T.

Zadania badawcze:

• Kontrola jakości próbek z sekwencjonowania NGS.
• Opracowywanie bioinformatycznych, zautomatyzowanych procedur analizy danych z sekwencjonowania transkryptomu oraz profilu chromatyny pojedynczych komórek (scRNA-seq, scATAC-seq).
• Optymalizacja wysokoprzepustowej analizy danych z wykorzystaniem serwera obliczeniowego i rozwiązań chmurowych.
• Analiza statystyczna danych z sekwencjonowania pojedynczych komórek.
• Wizualizacja danych i przygotowanie raportów.
• Integracja danych NGS z innymi danymi klinicznymi.
• Współpraca z innymi członkami zespołu/konsorcjum.
• Przygotowanie publikacji.

Wymagania

• Stopień doktora w dziedzinie: bioinformatyka, biostatystyka, matematyka lub nauk pokrewnych oraz/lub co najmniej 3 letnie doświadczenie dotyczące analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS).
• Bardzo dobra znajomość R i/lub Python oraz bash.
• Bardzo dobra znajomość obiektów i pakietów Bioconductor, w szczególności związanych z analizą pojedynczych komórek.
• Doświadczenie w pracy z klastrami obliczeniowymi (HPC) lub/i rozwiązaniami chmurowymi (AWS, Google).
• Znajomość co najmniej jednego z wymienionych programów do zarządzania procesami analizy danych: Cromwell, Snakemake, Nextflow.
• Umiejętność wizualizacji danych oraz sporządzania raportów.
• Znajomość programów do kontroli wersji (git).
• Posiadanie w swym dorobku co najmniej jednej publikacji naukowej z zakresu genomiki/bioinformatyki.
• Bardzo dobra znajomość języka angielskiego.

Oferujemy

• Forma zatrudnienia: umowa o pracę na czas trwania projektu (54 miesiące)
• Możliwość pracy w dynamicznym, interdyscyplinarynym zespole naukowym złożonym z biologów molekularnych, klinicystów, bioinformatyków.
• Pracę nad ambitnymi przełomowymi projektami z zakresu nowotworów hematologicznych;
• Możliwość wdrażania nowoczesnych rozwiązań bioinformatycznych m.in. integracja multi-omicznych danych m.in. RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, scRNA/ATAC-seq, WGS, wdrażanie rozwiązań chmurowych oraz analiz opartych na uczeniu maszynowym.
• Możliwość uczestnictwa w szkoleniach i konferencjach.
• Wsparcie w przygotowaniu wniosków grantowych.
• Możliwość rozwoju naukowej ścieżki kariery.