Ogłoszenie numer: 5646366, z dnia 2021-10-01
Instytut Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie
zatrudni
Adiunkt - Bioinformatyk (Post-doc) do realizacji zadań w projekcie badawczym pt. „Polish Chimeric Antigen Receptor -cell Network” realizowanego w ramach programu CAR-NET Agencji Badań Medycznych
Miejsce pracy: Warszawa
Opis stanowiska
Terapia komórkami CAR-T jest najbardziej zaawansowaną i spersonalizowaną technologią stosowaną w leczeniu hematoonkologicznym, która polega na wytworzeniu dla każdego pacjenta leku na bazie jego własnych limfocytów.
Wykorzystanie układu odpornościowego do walki z nowotworem polega na pobraniu od pacjenta limfocytów T, które są następnie modyfikowane genetycznie
w laboratorium. Gen ten koduje wytwarzanie przez limfocyt T receptora rozpoznającego specyficzne antygeny komórek nowotworowych. Dzięki terapii komórkami CAR-T można uzyskać całkowitą remisję u ok. 90% chorych z ostrą białaczką limfoblastyczną. W ramach realizacji projektu pod nazwą „Polish Chimeric Antigen Receptor T-cell Network”, finansowanego ze środków Agencji Badań Medycznych i mającego na celu rozwój pierwszej polskiej terapii CAR-T, zatrudnimy bioinformatyka, którego głównym zadaniem będzie analiza transkrypcyjnych
i epigenetycznych zmian ewolucyjnych CAR-T na poziomie pojedynczych komórek, pozwalająca na odkrycie mechanizmów molekularnych związanych z odpowiedzią
i opornością na terapię CAR-T.
Zadania badawcze:
- Kontrola jakości próbek z sekwencjonowania NGS.
- Opracowywanie bioinformatycznych, zautomatyzowanych procedur analizy danych z sekwencjonowania transkryptomu oraz profilu chromatyny pojedynczych komórek (scRNA-seq, scATAC-seq).
- Optymalizacja wysokoprzepustowej analizy danych z wykorzystaniem serwera obliczeniowego i rozwiązań chmurowych.
- Analiza statystyczna danych z sekwencjonowania pojedynczych komórek.
- Wizualizacja danych i przygotowanie raportów.
- Integracja danych NGS z innymi danymi klinicznymi.
- Współpraca z innymi członkami zespołu/konsorcjum.
- Przygotowanie publikacji.
Wymagania
- Stopień doktora w dziedzinie: bioinformatyka, biostatystyka, matematyka lub nauk pokrewnych oraz/lub co najmniej 3 letnie doświadczenie dotyczące analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS).
- Bardzo dobra znajomość R i/lub Python oraz bash.
- Bardzo dobra znajomość obiektów i pakietów Bioconductor, w szczególności związanych z analizą pojedynczych komórek.
- Doświadczenie w pracy z klastrami obliczeniowymi (HPC) lub/i rozwiązaniami chmurowymi (AWS, Google).
- Znajomość co najmniej jednego z wymienionych programów do zarządzania procesami analizy danych: Cromwell, Snakemake, Nextflow.
- Umiejętność wizualizacji danych oraz sporządzania raportów.
- Znajomość programów do kontroli wersji (git).
- Posiadanie w swym dorobku co najmniej jednej publikacji naukowej z zakresu genomiki/bioinformatyki.
- Bardzo dobra znajomość języka angielskiego.
Oferujemy
- Forma zatrudnienia: umowa o pracę na czas trwania projektu (54 miesiące)
- Możliwość pracy w dynamicznym, interdyscyplinarynym zespole naukowym złożonym z biologów molekularnych, klinicystów, bioinformatyków.
- Pracę nad ambitnymi przełomowymi projektami z zakresu nowotworów hematologicznych;
- Możliwość wdrażania nowoczesnych rozwiązań bioinformatycznych m.in. integracja multi-omicznych danych m.in. RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, scRNA/ATAC-seq, WGS, wdrażanie rozwiązań chmurowych oraz analiz opartych na uczeniu maszynowym.
- Możliwość uczestnictwa w szkoleniach i konferencjach.
- Wsparcie w przygotowaniu wniosków grantowych.
- Możliwość rozwoju naukowej ścieżki kariery.
Poznaj
Instytut Hematologii i Transfuzjologii
Instytut Hematologii i Transfuzjologii jest głównym w Polsce ośrodkiem naukowym w zakresie hematologii i transfuzjologii oraz referencyjnym ośrodkiem kliniczno-diagnostycznym.Misją Instytutu Hematologii i Transfuzjologii jest udzielanie wysokospecjalizowanych świadczeń zdrowotnych oraz prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych dla postępu nauki w zakresie hematologii, transfuzjologii i dyscyplin pokrewnych przy zachowaniu dbałości o przyjazne i bezpieczne warunki pobytu pacjentów i pracy personelu Instytutu.Instytut prowadzi działalność leczniczą (lekarze, pielęgniarki), diagnostyczną (diagności), naukową i dydaktyczną. Dodatkowo pracownicy biurowi dbają o obsługę lecznictwa, finanse, obsługę kadrowo-płacową, właściwy sprzęt badawczo-diagnostyczny oraz zaawansowane systemy IT wspierające codzienną pracę.Jeżeli w ogłoszeniach zarówno na naszej stronie internetowej jak i praca.pl nie ma ogłoszenia o rekrutacji na stanowisko na jakie jesteście Państwo zainteresowani aplikacje można wysłać na rekrutacja@ihit.waw.pl Zostanie ona przekierowana do ewentualnie zainteresowanego działu.Działalność lecznicza Instytutu obejmuje:-diagnostykę i leczenie chorób układu krwiotwórczego i chłonnego-diagnostykę i leczenie zaburzeń hemostazy-opiekę nad chorymi na porfirię-przeszczepianie krwiotwórczych komórek macierzystych-leczenie chirurgiczne, w tym również u chorych z wrodzonymi i nabytymi zaburzeniami krzepnięcia krwi oraz w zakresie chirurgii naczyń.
Działalność lecznicza realizowana jest w pięciu klinikach:1/ Klinika Hematologii,2/ Klinika Zaburzeń Hemostazy i Chorób Wewnętrznych,3/ Klinika Transplantacji Komórek Krwiotwórczych,4/ Klinika Chirurgii Ogólnej, Onkologicznej i Hematologicznej,5/ Klinika Chirurgii Naczyniowej,oraz na Oddziale Anestezjologii i Intensywnej Terapii, Oddziale Leczenia Dziennego, Oddziale Badań Klinicznych oraz na Bloku Operacyjnym..Działalność diagnostyczna Instytutu obejmuje szeroki zakres badań laboratoryjnych niezbędnych w diagnostyce chorób układu krwiotwórczego i chłonnego, układu hemostazy, chorób metabolicznych oraz badania z zakresu immunologii transfuzjologicznej, diagnostyki allo- i autoimmunizacji antygenami komórek krwi, diagnostyki konfliktu matczyno-płodowego, powikłań potransfuzyjnych, wrodzonych i nabytych anemii hemolitycznych i badań chimeryzmu. W Instytucie prowadone są również badania wirusologiczne w zakresie diagnostyki i epidemiologii wirusów ważnych ze względu bezpieczeństwa przetoczeń krwi oraz immunogenetyczne typowanie biorców i dawców do przeszczepienia krwiotwórczych komórek macierzystych. Instytut wykonuje badania obrazowe, diagnostykę chorób naczyń i badania endoskopowe w szerokim zakresie.