Doktorant w dziedzinie medycyna, biologia molekularna, proteomika, transkryptomika, diagnostyka laboratoryjna

Opis stanowiska

Instytut Hematologii i Transfuzjologii oferuje stanowisko doktoranta w interdyscyplinarnym projekcie dotyczącym nowoczesnej diagnostyki i leczenia ostrej białaczki limfoblastycznej realizowanym z funduszy Agencji Badań Medycznych w ramach projektu „Badanie 1 fazy nad bezpieczeństwem i farmakokinetyką trametinibu, ewerolimusu lub gilteritinibu z deksametazonem u chorych z nawrotową ALL i identyfikacja biomarkerów w oparciu o badania proteomiczne”.

Opis projektu:

Ostra białaczka limfoblastyczna (ALL), nowotwór wywodzący się z prekursorów limfocytów, jest stosunkowo rzadką chorobą nowotworową o złym rokowaniu obserwowaną we wszystkich grupach wiekowych. Nowe protokoły leczenia znacząco poprawiły przeżycie w populacji dziecięcej z ALL, gdzie odsetek wyzdrowień sięga 80-90%. Jednak u nastolatków i młodych dorosłych rokowanie jest poważniejsze, a odsetek 5-letnich przeżyć wynosi jedynie 50-60%. W starszych grupach wiekowych wyniki leczenia są jeszcze mniej zadowalające, co wynika zarówno z charakterystyki samej choroby jak i stanu chorych.

Wprowadzenie wysokoprzepustowych metod badawczych pozwoliło na wyodrębnienie nowych podtypów choroby, w tym tzw. ALL zależnej od aktywacji kinaz. Mimo to wciąż, niezależnie od typu molekularnego ALL, podstawą leczenia tej choroby u dorosłych jest intensywna chemioterapia i standardowo nie stosuje się terapii celowanych. Dostępne dane przedkliniczne wskazują jednak, że choć w przypadku stosowania standardowego protokołu leczenia zależna od kinaz ALL rokuje gorzej niż inne podtypy choroby, dodanie leków celowanych w molekularne podłoże zaburzeń pozwala zwiększyć skuteczność leczenia, a być może także wydłużyć przeżycie.

W ramach projektu planowane jest przeprowadzenie jednoośrodkowego, interwencyjnego badania klinicznego fazy 1 służącego ocenie skuteczności i bezpieczeństwa podawania inhibitorów kinaz (trametinibu, ewerolimusu i gilteritinibu) w skojarzeniu z deksametazonem, u pacjentów z nawrotową/ oporną na leczenie ALL. Projekt doktorski stanowi uzupełnienie tego badania klinicznego o badania nad diagnostyką towarzyszącą (ang. companion diagnostics) opartą na funkcjonalnej ocenie profilu aktywności kinaz w komórkach białaczkowych, umożliwiającą identyfikację kandydatów do leczenia. Zaproponowana przez nas metoda diagnostyki towarzyszącej umożliwiająca identyfikację chorych i przewidywanie wrażliwości na terapię ex vivo przed podaniem leku pozwala zoptymalizować koszty terapii tak, by kosztowne terapie trafiały w sposób celowany tylko do tych chorych, którzy rzeczywiście odniosą z nich korzyść.

Rolą doktoranta będzie opracowanie, optymalizacja i walidacja badań farmakoproteomicznych służących ocenie profilu aktywności kinaz u pacjentów z ALL. Po wstępnym etapie przygotowawczym, doktorant będzie prowadził badania farmakoproteomiczne zaplanowane w ramach badania klinicznego oraz będzie współodpowiedzialny za badanie populacyjne służące opracowaniu farmakoproteomicznych biomarkerów odpowiedzi na leczenie indukcyjne w terapii I rzutu. Zadania badawcze będą wymagały ścisłej współpracy z personelem klinicznym oraz ośrodkami współpracującymi w kraju i za granicą, co umożliwia zdobycie doświadczenia w badaniach translacyjnych na pograniczu laboratorium i kliniki.

Instytut Hematologii i Transfuzjologii jest jedną z wiodących instytucji badawczych w Polsce, służącą jako ośrodek referencyjny w dziedzinie hematologii. Badania zostaną przeprowadzone w młodej, dynamicznej grupie badawczej. Oferujemy możliwości rozwoju naukowego, poznanie najnowszych technik badawczych, w tym wysokoprzepustowego profilowania aktywności kinaz i sekwencjonowania nowej generacji, współpracę z wiodącymi instytucjami badawczymi w kraju i za granicą oraz dostęp do najnowocześniejszych technologii badawczych.

Obowiązki doktoranta:

• Optymalizacja metody wysokoprzepustowego badania aktywności kinaz i badania wrażliwości na inhibitory kinaz ex vivo (we współpracy z partnerem projektu)
• Charakterystyka komórek ALL wysokoprzepustowymi metodami genetycznymi i proteomicznymi w celu identyfikacji zaburzeń warunkujących oporność na leczenie;
• Poszukiwanie biomarkerów odpowiedzi na leczenie ALL poprzez profilowanie aktywności kinaz w komórkach białaczkowych izolowanych od pacjentów w różnych stadiach choroby
• Analiza i prezentacja danych
• Nadzór nad młodszymi członkami zespołu
• Dbanie o wysokie standardy techniczne i etyczne pracy, dobrą praktykę laboratoryjną i relacje z innymi członkami zespołu

Wymagania

• Wykształcenie biologiczne (biochemia, biologia molekularna, biotechnologia i dyscypliny pokrewne) lub medyczne (tytuł magistra farmacji, magistra diagnostyki laboratoryjnej lub lekarza);
• Doświadczenie w podstawowych technikach laboratoryjnych;
• Zainteresowanie patogenezą nowotworów układu krwiotwórczego i wykorzystania metod wysokoprzepustowych w biomedycynie oraz doświadczenie laboratoryjne w zakresie biologii molekularnej, biochemii i/lub bioinformatyki będą dodatkowym atutem;
• Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.

Oferujemy

• Pracę w profesjonalnym, dynamicznym i przyjaznym środowisku, w ścisłej współpracy z zespołami z innych instytucji badawczych w Polsce i zagraniczną firmą biotechnologiczną
• Możliwości rozwoju zawodowego i zdobycia doświadczenia w badaniach translacyjnych prowadzonych na styku medycyny klinicznej, diagnostyki i biologii molekularnej
• Wynagrodzenie 4000 zł/miesiąc